Rheinau ist seit der Keltenzeit besiedelt. Die dokumentierte Geschichte beginnt mit der Klostergründung gegen Ende des 8. Jahrhunderts. Die Klosterinsel und ihre Bibliothek galten während Jahrhunderten als wichtiges kulturelles Zentrum. Im 18. Jahrhundert erlebte das Kloster seine Blütezeit. Die Klosterkirche wurde im Barockstil prunkvoll erneuert und erhielt die weithin sichtbaren Türme.
1803 kam Rheinau als Gemeinde zum Kanton Zürich. Die liberale Neuordnung des Kantons läutete das allmähliche Ende des Klosters ein. 1862 beschloss der Kantonsrat dessen endgültige Aufhebung. Schon wenige Jahre später richtete der Kanton in der Anlage eine Heil- und Pflegeanstalt ein. Die Klostergebäude wurden der neuen Nutzung angepasst und ergänzt. Ende 2000 zog die Psychiatrische Universitätsklinik aus der Klosteranlage aus.
2014 wurde in einem Teil des ehemaligen Klosters die MUSIKINSEL eröffnet.
